第1部より3年後となる宇宙世紀0115年。連邦宇宙軍の独立部隊「ファステスト・フォーミュラ」は、F90Nタイプを軸として、サナリィの特殊任務をこなしていくが、そこにはやはり、アナハイムの存在が……！